Les travaux de Frédéric Bouchard se sont illustrés en philosophie de la biologie et en philosophie des sciences. En offrant une nouvelle analyse du succès évolutionnaire (fitness) et du concept d’individualité biologique, ses recherches nous permettent de mieux comprendre les interactions complexes entre les espèces, du microbiome aux écosystèmes. Par ailleurs, ses travaux sur le rôle des experts dans la prise de décision sont mobilisés régulièrement par des agences gouvernementales pour réfléchir à des enjeux reliés au développement durable, à la santé publique et aux politiques d’innovation.